【結論】確定申告書の提出期限の延長特例法人（法人税法第75条の2((確定申告書の提出期限の延長の特例))の規定の適用を受ける法人をいいます。）が期限後申告書を提出した場合において。

無申告加算税を賦課するときは、見込納付額を控除する前の「期限後申告書に納付すべきものとして記載された税額」（設例の場合には、100）が、無申告加算税の計算の基礎となります（国税通則法第66条第1項、第35条第2項）。

※確定申告書の提出期限の延長特例法人に係る無申告加算税の例

【参考】

仮に、期限内に見込納付した税額があったとしても無申告加算税の計算上は関係がありません。

　なお、見込納付額は、国税通則法第59条第1項の規定により、期限内に適法に納付された税としての法的位置付けがされていますが、この法的位置付けは、申告期限徒過の時点で解消され、単に誤納額となるにすぎません（国税通則法第59条第2項）。

【照会要旨】

　確定申告書の提出期限の延長特例法人（法人税法第75条の2((確定申告書の提出期限の延長の特例))の規定の適用を受ける法人をいいます。）が期限後申告書を提出した場合において、無申告加算税を賦課するときは、無申告加算税の計算上、納付すべき法人税額から期限内に納付した見込納付額を控除した金額が無申告加算税の計算の基礎となるのでしょうか。

確定申告書の提出期限の延長特例法人に係る無申告加算税の例

【回答要旨】

　見込納付額を控除する前の「期限後申告書に納付すべきものとして記載された税額」（設例の場合には、100）が、無申告加算税の計算の基礎となります（国税通則法第66条第1項、第35条第2項）。

（理由）

　 無申告加算税は、期限内申告を担保とするためのペナルティであり、申告の懈怠に着目して課されるものであって、その計算の基礎は「納付すべき税額」と規定されています（国税通則法第66条第1項）。

　したがって、仮に、期限内に見込納付した税額があったとしても無申告加算税の計算上は関係がありません。

　なお、見込納付額は、国税通則法第59条第1項の規定により、期限内に適法に納付された税としての法的位置付けがされていますが、この法的位置付けは、申告期限徒過の時点で解消され、単に誤納額となるにすぎません（国税通則法第59条第2項）。

国税庁ホームページ質疑応答事例法人税

https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/hojin/32/01.htm